Desde el siglo XVI la Orden de los Agustinos perdió muchos monasterios. Por culpa de Martín Lutero, monje agustino portavoz de la Gracia Divina, la presencia de la Orden tuvó  una drástica disminución y el pensamiento del Santo fue objeto de muchos debates teológicos que acabarán con la Contrarreforma.
Las palabras del fundador fueron después tomadas en las obras de los más importantes filósofos del Seiscientos y fueron un punto de referencia para algunos movimientos religiosos como el Jansenismo.
Después de las cancelaciones napoleónicas de los monasterios, el de San Agustín fue cerrado en  1808 pero los frailes continuaron a oficiar en la iglesia hasta el año de 1972.
Actualmente las habitaciones del monasterio son utilizadas como institutos escolares y emplean la iglesia para acontecimientos culturales.