A partir du XVIe siècle l’Ordre augustinien perd un grand nombre de monastères. A cause de Martin Luther, moine augustinien porte-parole de la Grâce divine, la présence des Augustins subit une diminution drastique, alors que la pensée du Saint fait l’objet de discussions dans les débats théologiques qui porteront à la Contre-Réforme.
Les paroles du fondateur seront de toute façon reprises dans les œuvres des plus grands philosophes du XVIIe siècle et deviendront un point de référence pour quelques mouvements religieux comme le Jansénisme.
A la suite des suppressions des couvents de la part de Napoléon, en 1808, même le couvent de saint Augustins est fermé. Les frères augustiniens continueront d’officier dans l’église jusqu’en 1972.
Actuellement les salles du couvent sont occupées par un institut scolaire, alors que l’église sert de salle  pour les manifestations culturelles.