Dal XVI secolo l'Ordine agostiniano perse un gran numero di monasteri. A causa di Martin Lutero, monaco agostiniano portavoce della Grazia Divina, la presenza degli Agostiniani accusò una drastica diminuzione, mentre il pensiero del Santo fu oggetto di discussione nei dibattiti teologici che porteranno alla Controriforma.
Le parole del fondatore saranno comunque riprese nelle opere dei più grandi filosofi del Seicento e diventeranno un punto di riferimento per alcuni movimenti religiosi come il Giansenismo.
A seguito delle soppressioni napoleoniche dei conventi, nel 1808 anche il Convento di Sant’Agostino viene chiuso. I frati agostiniani continuarono ad officiare nella chiesa fino al 1972.
Attualmente i locali del convento sono occupati da istituti scolastici, mentre la chiesa fornisce un palcoscenico per manifestazioni culturali.