La Basílica di San Francisco presenta una planta a cruz egipcia, simplemente llamada a T, caracterizada por un cruzero que corta la iglesia hacia el ábside. Esta forma particular llama la atención sobre el  Tau elejido por San Francisco como símbolo de la cruz de Jesús y desarrollado después como el signo identificativo de la Orden. Entrar en el edificio sacro significa por lo tanto encontrarse a los pies de la cruz y entrar a formar parte del cuerpo místico de Cristo como es la Iglesia.  El interior se caracteriza por una grande aula única, típica de las iglesias de las órdenes mendicantes; la grandeza de la estructura permitía hospedar a muchos fieles y tenía también una función acústica indispensable para la predicación que en el pasado no podía disfrutar de ningún medio tecnológico. La ausencia de las naves laterales concentra la mirada de quien entra hacia el altar, corazón de la iglesia donde durante la Misa se cumple el sacrificio de Cristo que muere y resurge para nuestra salvación. La exigencia de la Orden de perseguir la pobreza y la espiritualidad encuentra su confirmación en la arquitectura despojada de elementos decorativos y sin embargo capaz de exprimir la Gloria de Dios. Los dos brazos del cruzero presentan distintas capillas, que en el pasado estaban  bajo del patronato de las más importantes familias senesas que pagaron las . . .