Lungo le pareti della navata una serie di strutture metalliche rievoca gli altari barocchi che, realizzati dopo l’incendio del 1655, ospitavano i dipinti commissionati dalle più importanti famiglie senesi. Alla fine del XIX secolo, l’architetto senese Giuseppe Partini restaurò la chiesa riportandola integralmente all’aspetto gotico e distrusse gli altari. Le opere pittoriche del XVII e XVIII secolo, non più rispondenti al gusto del tempo, erano state trasferite, già prima del suddetto restauro, nella Galleria di Belle arti e, in seguito, nei depositi della Soprintendenza, dove rimasero fino al 1996, anno in cui alcune di esse vennero ricollocate nella chiesa. Le tele in questione furono realizzate all’epoca della Riforma Cattolica, momento in cui la Chiesa propose, con maggiore forza rispetto al passato, la presenza delle immagini dei Santi nei luoghi di culto, per contrastare le critiche mosse dalla Riforma Protestante alla loro venerazione.