A l’intérieur l’église a gardé, dans son ensemble un aspect médiéval. Elle a un plan longitudinal et un plafond en poutres de bois décorées, rappel fort probable de l’Arche de Noé, l’arche du salut. La typologie à nef unique répond aux exigences d’une acoustique parfaite pour que tous participent à la prière, écoutent les prêches et les enseignements de la doctrine chrétienne. L’achèvement rectiligne de l’abside est récurrent dans beaucoup d’exemples de ce type d’églises; l’abside est couverte d’une voûte d’arêtes dont la décoration, faite d’un ciel étoilé, évoque la Création. On y trouve le chœur en bois, réalisé en 1687: les frères s’y réunissaient pour les prières du jour et pour la participation aux cérémonies liturgiques. Deux portes en bois, marquetées avec les trois vertus théologales Foi, Espérance, Charité et l’allégorie de la religion, séparent le chœur de la nef, là où se rassemblent les fidèles. Le gradin qui s’étire le long des parois de la nef servait aussi bien comme voie de dégagement, pour accéder aux autels latéraux ou à la chapelle du Très Saint Sacrement quand l’église était pleine, que comme élément de séparation entre l’espace destiné à l’assemblée et l’espace sacré des autels latéraux, puisqu’il ne faut pas oublier qu’ici aussi on célébrait la Messe . . .