Entre las reliquias más importantes presentes en la iglesia, se encuentran sin duda, los hábitos que pertenecian al Santo. Los principales son su túnica de lana ligera utilizada durante los viajes; el hábito de lana gruesa de color gris; el manto de lana a forma de grande pivial; los largos calzetines de tejido de lana.

El precioso relicario que las protege fue realizado entre 1454 y 1462 por Francesco de Antonio con la comisión del Colegio cardenalicio senés, mientras que el ángel que tiene el pastoral y el ángel con las dos mitras (símbolos de los dos obispados  de Ferrara y Urbino ofrecidos al Santo y rechazados por Ĕl), fueron realizados por Domenico Bonechi y son el fruto de dos intervenciones sucesivas. Arriba de la urna se encuentra el relicario con los polvos de los precordiales del Santo realizado en forma de tabernáculo y dominado por una pequeña custodia que protege el diente del Santo y en la parte superior, el símbolo de los Franciscanos: el brazo de Cristo cruzado con el de San Francisco, ambos con los estígmatas y la cruz en el fondo. Todo el conjunto profesional del relicario en madera dorada, es obra de Pietro Montini realizado en 1687. Cerca del relicario se encuentra la tavoleta con el nombre de Jesús, fechada 1425,  considerada la original pertenecida al Santo y utilizada por Ĕl durante sus prédicas públicas.