Oltre a quella di Santa Caterina della Notte, l’altra importante Compagnia che aveva sede nei sotterranei dello Spedale era quella dei Disciplinati. Essa si era costituita con ogni probabilità durante il Duecento, epoca in cui vennero emanati i primi statuti, ma le sue origini leggendarie si facevano risalire all'alto Medioevo, se non addirittura ai tempi di Sant’Ansano, battista e Patrono di Siena, martirizzato, secondo la tradizione, nella vicina strada del 'Fosso' che tuttora gli è dedicata. Le norme statutarie che dettavano i requisiti per l'ammissione e l'appartenenza alla Compagnia esigevano una selezione rigorosa dei cittadini che aspirassero a farne parte, scelti tra i più autorevoli esponenti della classe dirigente senese, ai quali veniva imposto, attraverso regole severe e minuziose, un austero stile di vita, ma era riconosciuto anche un ruolo di prestigio come consiglieri politici e gestori della beneficenza pubblica. Inoltre l'adozione di un'insegna con la croce e due ‘discipline’ (flagelli) ad essa appese, stava ad indicare la piena adesione dei confratelli al sacrificio di Cristo ed alla penitenza dei flagellanti.
Nei secoli dal XIII al XIV la Compagnia annoverò tra i suoi affiliati alcune personalità di spicco del misticismo senese, come San Bernardo Tolomei ed i Beati Andrea Gallerani, Pietro Petroni e Giovanni Colombini, oltre ad un gruppo di discepoli di Caterina Benincasa, del quale facevano parte Gabriello di Davino Piccolomini, Sano di Maco lanaiolo e Stefano di Corrado Maconi. Nel 1379, dopo lo scoppio dello Scisma d'Occidente, la Santa scrisse al priore ed ai fratelli della Compagnia per esortarli ad appoggiare la causa di Papa Urbano VI contro l'antipapa Clemente VII non solo 'spiritualmente' con le preghiere, ma anche 'temporalmente' adoperando tutta la loro influenza per convincere il governo senese a dare sostegno al 'vero vicario di Cristo'. Agli inizi del XV secolo, prima di entrare nell'Ordine francescano, appartenne alla Confraternita il giovane Bernardino degli Albizzeschi, che maturò la sua vocazione prodigandosi nell'assistere i malati di peste ricoverati nel vicino ospedale.
Nell'età della Controriforma la Compagnia fu centro di culto officiato con frequenza e regolarità da cinque cappellani per quanti erano gli altari dell'oratorio, mentre i confratelli si distinguevano per le opere di carità a favore degli indigenti, dei prigionieri e dei luoghi pii più bisognosi. Anche il patrimonio si accrebbe per le numerose donazioni ed i lasciti per la salvezza dell'anima che furono effettuati tra il XVI e il XVIII secolo da diversi esponenti del patriziato senese, tanto che nel 1783, quando fu deciso di effettuare un prelievo fiscale straordinario per contribuire alla riforma dell'Università di Siena, la Compagnia venne tassata come l'istituzione di gran lunga più ricca tra tutti i luoghi pii del tempo. Due anni dopo, tuttavia, la soppressione delle confraternite laicali della Toscana decretata dal governo granducale risparmiò il patrimonio della Compagnia, che venne laicizzata e trasformata in Società di Esecutori di pie disposizioni, l'istituzione che per oltre due secoli sino al tempo presente ha continuato ad esercitare importanti funzioni di carattere socio-economico in Siena e nel territorio del suo antico Stato.
I numerosi locali sede della Società, situati a poca distanza dall’oratorio della Compagnia di Santa Caterina della Notte, custodiscono un notevole patrimonio storico artistico che si è arricchito in anni recenti grazie alla scoperta di un interessante ciclo di affreschi di primo Trecento, raffigurante una Tebaide, venuto alla luce lungo la scala che porta alla sede della Società. Tra le altre opere, spicca in particolare il bellissimo Crocifisso ligneo, posto sull’altare sinistro dell’oratorio, che secondo la tradizione indusse San Bernardino ad indossare l’abito francescano.