Il Battistero di San Giovanni è il luogo in cui Santa Caterina venne battezzata, così come per secoli tutti i cittadini senesi. Questo spazio ricopre un'importanza straordinaria, in quanto, attraverso il Battesimo, viene sancita l’appartenenza dei cristiani alla Chiesa universale e allo stesso tempo alla comunità locale: oltre che simbolo della rinascita in Cristo, il fonte battesimale è dunque anche segno dell'identità collettiva.
Rispetto alla consueta struttura dei Battisteri, quello senese presenta caratteristiche del tutto particolari, in primo luogo per la sua posizione, trovandosi addossato alla parte posteriore della Cattedrale, anziché davanti ad essa. Tuttavia, riesce comunque a ricoprire la funzione simbolica di accesso alla Chiesa, affacciandosi in direzione del cuore vitale della città.
Al Battistero manca inoltre la tradizionale struttura a pianta ottagonale, forma che esprime la partecipazione del battezzato alla risurrezione di Cristo, avvenuta il primo giorno dopo il sabato, ovvero l'ottavo; l’edificio è infatti un ambiente rettangolare, diviso in tre navate coperte da volte a crociera. La connotazione di questo spazio come Battistero è quindi tutta affidata a due elementi: il fonte battesimale, meravigliosa sintesi della scultura toscana del Quattrocento, e la decorazione ad affresco delle volte che illustra gli articoli del Credo, racchiudenti la professione di fede richiesta per l’ammissione al Battesimo.