L'ordine sorse agli inizi del XIII secolo in Linguadoca (Francia) a opera dello spagnolo Domenico di Guzmán con il fine di lottare contro la diffusione dell’eresia catara: Domenico e i suoi compagni scelsero di contrastare le dottrine eretiche sia attraverso la predicazione che attraverso l'esempio di una severa ascesi personale, vivendo in povertà e mendicità. Poiché per confutare le dottrine eterodosse era necessario che i predicatori, oltre a essere esemplarmente poveri, avessero anche una solida preparazione culturale, i conventi domenicani divennero importanti centri di studi teologici e biblici: appartennero all'ordine alcuni dei più importanti teologi medievali, come Tommaso d'Aquino e Alberto Magno.
I primi frati giunsero a Siena al seguito del fondatore Domenico di Guzman intorno al 1215-‘16, quando egli si recò a Roma da Papa Onorio III per l’approvazione della Regola dell’Ordine dei Predicatori, avvenuta il 22 dicembre 1216. Inizialmente, il gruppo di frati trovò ospitalità nella parte sud della città; poi, nel 1225, il signore senese Fortebraccio Malavolti donò loro il colle di Camporegio, affinché vi costruissero la chiesa ed il loro convento.
L’insediamento dei Domenicani nella città di Siena fu dovuto principalmente alla presenza dello Studium, l’attuale Università, e al fatto che l’Ordine si prefiggeva il compito di combattere le eresie e perseguire la salvezza delle anime attraverso predicazione e insegnamento. Proprio per il carisma dell’insegnamento, la presenza dei Domenicani è infatti registrata nelle principali città europee sedi universitarie.
Sia la chiesa che il convento furono ultimati intorno al 1262-’65. La chiesa, molto grande, doveva rispondere all’esigenza di una nuova evangelizzazione, e quindi doveva essere adatta ad accogliere le molte persone che si recavano ad ascoltare le prediche dei frati Predicatori o domenicani.
Con le leggi leopoldine, il convento di San Domenico venne soppresso e nel 1786 divenne monastero benedettino cassinese fino al 1912, quando i benedettini lasciarono questo luogo; fu così che nel 1920 i padri Domenicani poterono far ritorno nella loro chiesa e nel loro convento, dove tutt’oggi risiedono e custodiscono la memoria della spiritualità di Santa Caterina da Siena.